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Per progettare, promuovere e realizzare le attività, ECOSISTEMA si è strutturata nei seguenti settori operativi:
Studi e Ricerche applicate
Pianificazione ambientale
Restauro e Gestione
Formazione professionale
Comunicazione, informazione ed educazione ambientale
Turismo sostenibile ed ecoturismo
Trasversalmente ai settori di intervento, ECOSISTEMA può attivare due ulteriori nuclei operativi:
Soluzioni Informatiche/Telematiche per l'Ambiente
Individuazione e Reperimento Finanziamenti a progetto/gestione
